Tras el bloqueo de Naboo por la Federación de Comercio, la República, gobernada por el Canciller Palpatine, sufre una verdadera crisis. Un grupo de disidentes, encabezado por el jedi oscuro Conde Dooku, manifiesta su descontento en cuanto al funcionamiento del régimen. El Senado y la población intergaláctica están inquietos ante el surgimiento de una tal amenaza. Algunos senadores quieren que la República cree un sólido ejército para evitar que la situación no vaya a peor. Al mismo tiempo, Padmé Amidala, ahora senadora, está amenazada por los separatistas y escapa por los pelos de un atentado. El Padawan Anakin Skywalker es el encargado de su protección. Su maestro Obi-Wan Kenobi, parte a investigar esta tentativa de asesinato y descubre la creación de un misterioso ejército de clones...